密码子表的变化主要是增加了以下两部分内容。
1. 介绍硒代半胱氨酸（Sec）的密码子。硒代半胱氨酸是组成生物体蛋白质的第21 种氨基酸，广泛存在于原核生物和真核生物中的一些特殊的蛋白质中，如细菌的甲酸脱氢酶、哺乳动物的谷胱甘肽过氧化物酶等。编码 Sec 的密码子 UGA 是一种双功能密码子，通常它是终止密码子，但是在某些特殊情况下，如具备 Sec 插入序列和一系列参与Sec 插入机理的组分时， UGA 就可以编码 Sec。此外， 2002 年科学家发现了第 22 种组成蛋白质的氨基酸——吡咯赖氨酸（Pyl），它是由 UAG 编码的。但考虑到必修 1 介绍人体中组成蛋白质的氨基酸有 21 种，而且yl 只存在于一些产甲烷古菌和细菌中，且含量极少，因此必修 2 教材在密码子表中没有介绍Pyl 的密码子。
2. 实验教科书介绍了两种起始密码子，新教材对起始密码子 GUG 进行了说明。真核生物的起始密码子均为 AUG，编码甲硫氨酸；而原核生物的起始密码子有三种：AUG、 GUG 和 UUG，绝大多数情况下是 AUG，编码甲酰甲硫氨酸，少数情况下UG 也可以是起始密码子，但作为起始密码子， GUG 也编码甲酰甲硫氨酸。也就是说， GUG 作为肽链中间的密码子，编码缬氨酸，只在原核生物中作为起始密码子时，才编码甲酰甲硫氨酸。需要进一步说明的是，在原核生物中，起始氨基酸是一种甲酰化的甲硫氨酸，称甲酰甲硫氨酸；而真核生物不发生甲酰化作用，起始氨基酸是甲硫氨酸。为降低难度，教材介绍 GUG 时只注明编码“甲硫氨酸”，删去了“甲酰”二字。同时，考虑到UUG 作为起始密码子只有极少数情况，为降低难度，教材未予介绍。
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