第13个问题是有关ATP供能的问题。这个问题是不少的老师有一个接受程度的问题。其实ATP供能是非常复杂的一个问题，我们旧教材讲的是释放能量，而在新教材讲的是ATP有一种特殊的化学键，它这个供能是一种叫能化的过程，或者说是磷酸化的过程。也就是说这个磷酸与受体结合就是一个供能的过程。怎么理解呢？这个分子基团或者电子基团它们处于不同的位置，所具有的能量是不一样的，要理清楚这一点，我们才能够回答这个问题。比如说我们讲这个原子核，原子核内有质子，外面有一些电子，电子在不同轨道上运行。这些电子由低轨道向高轨道上运行，那自然就是吸能，由高轨道向低轨道运行，那就是释放能量，比如释放光子，是吧？从这一点我们可以看出，电子位于不同的位置上，它就具有不同的能量。我们在生物化学反应中称之为自由能，它是以一种自由能的形式存在的。那么，ATP中的磷酸基团本身是带负电，两个带负电的磷酸基团之间会相互排斥，就会形成不太稳定的一种化合物，在ATP酶的作用下，这个磷酸基团自然而然就会脱离ATP而与受体结合，就相当于（磷酸基团）带着一种能量与受体结合，磷酸基团本身有一些自由能，再加上ATP本身有一定质量，于是就导致了受体的空间结构发生改变。比如说（受体）空间结构原先是那样的，那么磷酸化一结合，就会导致其整个的构象发生改变了。原来是钾离子在这（细胞外），然后因为受体的构象发生改变了，受体就与钾离子结合并将其翻转过来带进细胞内了，钾离子就进来了，可以这样理解。也就是说，ATP的供能，我们可以理解为就是一种磷酸化的过程。所以，这点（新教材关于ATP供能的表述）是一个非常大的观念的转变，希望老师们要好好的理解它，不要狭隘理解为这个供能就一定是热能。
图中是（类囊体）囊膜上的一种电子传递链，也就是进行光合作用的类囊体那个膜结构上的电子传递链。我们可以看到，这个电子的传递过程，这个运动过程，本身就是一个供能的过程。你看，光系统Ⅱ使高能电子被激活了之后，在质体醌的氧化还原过程中，就可以将质子运到了膜内。这个过程中消耗的就是电子的自由能，是吧？那电子的能量就变低了，能量就不够了，电子最终要传递到NADP，那么它的能量不够怎么办？那就需要光系统Ⅰ再对电子进行加速，也就是说激活它让它能量变得更高一些，这个时候才能与NADP结合形成质子和（图中）球形的NADPH，这个NADPH本身就具有能量，同时也是还原剂。我们可以看到，实际上它是以一种自由能的形式而存在，它的位置不同，就具有不同的能量。再看图中这部分，这个质子在膜内很多，而在膜外相对会少一些，这样质子由膜内向膜外流动过程之中，这就是一种顺浓度梯度了，它都需要通过一个载体才能进行，这个载体就是ATP合酶， ATP合酶具有特殊的结构。在这个电子势能的作用之下，那么ATP合酶的空间结构发生改变，它就用其中的某一个结构抓取了ADP和磷酸从而形成了ATP，这样，我们所谓的能量就由质子势能转变成了ATP中的一种能量。你看这个都是热能吗？它不是热能啊。所以我们要理解这个能量不能简简单单按照热能那样去理解它。在生命活动中有许多活动比如说肌肉收缩，它是肌纤蛋白或者肌球蛋白的这种运动，这个运动也是磷酸化导致的空间结构的改变，从而使肌肉纤维发生收缩反应或舒张反应，运动就发生了。
所以我们理解它（ATP）的供能过程，实际上很多情况下是一种磷酸化的过程，我们要改变这个观念和认知。
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